Mit der von Kaiser Ferdinand II. 1622 beschlossenen Neuordnung der Universität wurde der Jesuitenorden berufen, die Universität zu übernehmen. Damit begann ein städtebaulicher Umgestaltungsprozess, um die bis dahin in verschiedene Objekte verstreuten Institutionen zu einem Gesamtkomplex zusammenzufassen. Der heutige Doktor-Ignaz-Seipel-Platz wurde als neuer Platz geschaffen und an seiner Nordseite wurde ab 1624 die von Kaiser Ferdinand II. gestiftete Jesuitenkirche, wahrscheinlich nach Plänen von Giovanni Battista Carlone, errichtet.

Die Doppelturmfassade stellte in der Baukunst Wiens eine Neuerung dar. Direkt über dem Eingang zeugt das prunkvolle Wappen von der kaiserlichen Stiftung. Von 1703-1709 wurden die Turmhelme und der Innenraum nach den Plänen von Andrea Pozzo im Sinne des Hochbarocks umgestaltet. Mit einer neuen architektonischen Gliederung, malerischen Ausstattung und Einrichtung gelang es ihm auf bemerkenswerte Weise, dem langgestreckten Raum die Erscheinung eines Zentralraums inklusive Scheinkuppel zu geben.

Nach mehreren Veränderungen des 19. und frühen 20. Jahrhunderts konnte durch eine wissenschaftlich begleitete Restaurierung in den 1990er-Jahren der von Pozzo vollständig durchkomponierte Farbraum der Kirche wiederhergestellt werden.

Die Jesuiten laden Sie am Tag des Denkmals ein, im Rahmen einer kunsthistorischen Führung einen der prunkvollsten barocken Kirchenräume Wiens näher kennenzulernen.